|
|
Studying lymphocyte development using mass cytometry
Novák, David ; Stuchlý, Jan (vedoucí práce) ; Špidlen, Josef (oponent)
Studium vývoje lymfocytů pomocí hmotnostní cytometrie Abstrakt Vývoj dospělých lymfocytů (podtypu bílých krvinek) je klíčový pro správnou funkci lidského imunitního systému. V současnosti lze studovat vývojové cesty po- mocí vysoce výkonných metod měření na úrovni jednotlivých buněk (single-cell). Hmotnostní cytometrie umožňuje studium imunologicky relevantních fenotypových a funkčních markerů ve velkém měřítku. V této práci představuji svůj osobní podíl na vývoji tviblindi, silného nástroje pro analýzu cytometrických dat zaměřenou na odhalení vývojových trajektorií. tviblindi je balíček napsaný v jazycích R, Python a C++. Poskytuje možnost integrace předchozích vědomostí a datových analýz založených na teorii grafů a algebraické topologii. Nástroj tviblindi je přístupný výzkumníkům v oblasti biologie bez přehledu v informatice a matemat- ice. Jedná se o příspěvek k rostoucímu počtu metod na poli trajectory inference (odhalování vývojových trajektorií) pro single-cell data. Mimoto shrnuji současné poznatky o vývoji T lymfocytů a provádím analýzu souboru dat z lidského thymu a periferní krve pomocí tviblindi a výsledky analýzy hodnotím. 1
|
|
|
Studying lymphocyte development using mass cytometry
Novák, David ; Stuchlý, Jan (vedoucí práce) ; Špidlen, Josef (oponent)
Studium vývoje lymfocytů pomocí hmotnostní cytometrie Abstrakt Vývoj dospělých lymfocytů (podtypu bílých krvinek) je klíčový pro správnou funkci lidského imunitního systému. V současnosti lze studovat vývojové cesty po- mocí vysoce výkonných metod měření na úrovni jednotlivých buněk (single-cell). Hmotnostní cytometrie umožňuje studium imunologicky relevantních fenotypových a funkčních markerů ve velkém měřítku. V této práci představuji svůj osobní podíl na vývoji tviblindi, silného nástroje pro analýzu cytometrických dat zaměřenou na odhalení vývojových trajektorií. tviblindi je balíček napsaný v jazycích R, Python a C++. Poskytuje možnost integrace předchozích vědomostí a datových analýz založených na teorii grafů a algebraické topologii. Nástroj tviblindi je přístupný výzkumníkům v oblasti biologie bez přehledu v informatice a matemat- ice. Jedná se o příspěvek k rostoucímu počtu metod na poli trajectory inference (odhalování vývojových trajektorií) pro single-cell data. Mimoto shrnuji současné poznatky o vývoji T lymfocytů a provádím analýzu souboru dat z lidského thymu a periferní krve pomocí tviblindi a výsledky analýzy hodnotím. 1
|
|
|
Základy perzistentní homologie
Novák, Jakub ; Šťovíček, Jan (vedoucí práce) ; Hrbek, Michal (oponent)
V této práci seznámíme čtenáře s teorií perzistentní homologie a na- značíme její aplikace. V první kapitole ukážeme základy simpliciální a singulární homologie a dokážeme základní vztahy, zejména nezávislost simpliciálních ho- mologických grup na zvoleném △-komplexu a izomorfismus mezi homologickými grupami homotopických prostorů. V druhé kapitole vysvětlíme motivaci za perzis- tentní homologií, popíšeme její algebraickou strukturu a způsob, jak lze vizuálně reprezentovat. Popíšeme a dokážeme správnost algoritmu na její výpočet. Teorii poté ilustrujeme na příkladu. 1
|
host ::
RSS.